Estados Unidos obtuvo el apoyo de la ONU y la comunidad internacional. El día de la invasión, fuerzas especiales de Estados Unidos se infiltraron en el territorio con el objetivo de contactar a la denominada Alianza del Norte para incorporarlos a la operación contra el gobierno Talibán. A las 17.00, hora local, se inició una campaña de bombardeos contra las posiciones del ejército Talibán y de campos de Al Qaeda.
Los primeros ataques se dirigieron contra los posibles campos de entrenamiento de Al Qaeda -donde se sospechaba que podían disponer de misiles tierra-aireFIM-92 Stinger suministrados por el propio Estados Unidos a la resistencia durante la invasión soviética de los 80- y los sistemas de defensa antiaérea afganos. Aproximadamente al quinto día de las operaciones, los sistemas de defensa antiaérea estaban prácticamente destruidos, las pistas de aterrizaje de aviones inutilizadas y las comunicaciones internas del ejército afgano eran incapaces de coordinar las operaciones militares.
Por su parte, la Alianza del Norte tenía problemas para avanzar en el frente hacia la capital. A los quince días de la invasión requirió de Estados Unidos el bombardeo de las posiciones talibán para tratar de continuar. Su armamento estaba compuesto de obsoleto material soviético y su capacidad de combate era suficiente para la resistencia pero incapaz para iniciar una ofensiva.
En la segunda parte de la campaña los objetivos de Estados Unidos eran los vehículos terrestres talibán, tanto carros de combate como vehículos de transporte de tropas. Igualmente se buscaba a Osama bin Laden y al líder afgano, el Mullalh Omar, que fue atacado pero no alcanzado cerca de Kandahar a finales de octubre. A principios de noviembre los raids aéreos sobre el ejército talibán habían hecho mella y el día 2 las fuerzas de la Alianza del Norte podían avanzar libremente hacia Kabul.
El 9 de noviembre comenzó la batalla de Mazar-e-Sharif.
Así, el 13 de noviembre de 2001, la capital Kabul fue tomada por la Alianza del Norte sin apenas resistencia por parte de los Talibán. Este hecho marcó el fin del régimen extremista, y se impuso a Hamid Karzai como nuevo presidente. No obstante, Bin Laden no fue capturado, su paradero se creé y se pierde en las Montañas de Pakistán. Los años siguientes la guerra prosiguió y los miembros de la OTAN encontraron muchas bajas, ocupando nuevamente los talibán muchos territorios.
En el año 2007 según algunos analistas los talibán podrían haber reconquistado el poder aún con las tropas invasoras occidentales todavía en el país.27
En agosto de 2008 la situación empeora para la OTAN ya que sus bajas aumentan siendo que en junio , julio y agosto hubo más bajas que en Irak, sumando estos 3 meses son casi 120 muertos comparando esto con los 190 que murieron en los primeros 3 años del conflicto es una clara muestra del recrudecimiento de la guerra.28 El 19 de agosto diez soldados franceses resultaron muertos en una emboscada talibán cerca de Kabul.29
Para Octubre del 2008, el país continúa en un clima de guerra constante y, según el Financial Times, en un descontento creciente con el gobierno de Hamid Karzai. Según el periódico, el descontento podría extenderse hacia el norte, donde los líderes de la Alianza del Norte, excluidos y presionados por Karzai, estarían rearmándose.
También se ha creído que la supusta muerte de osama bin laden no fue real ya que no se encontró cuerpo alguno, que bin laden ocupa un rango elevado en la guerra
En 2008 se anunció el ingreso de Colombia quien enviara tropas entrenadas en la desactivación de minas antipersonales bajo el mando del Ejército de España.30
El año 2009 fue el más violento desde la invasión en 2001. La insurgencia talibán incrementó los ataques por todo el territorio causando gran número de muertos tanto de civiles como de fuerzas afganas y extranjeras.31 El repunte de la violencia en el país hizo necesaria una revisión de la estrategia de la OTAN enAfganistán que incluye el envió de más tropas por parte de los países miembros así como intensificar y mejorar la formación de las fuerzas de seguridad afganas.32
En mayo de 2009 la Casa Blanca declaró que no detendría los bombardeos contra el país, negándose a la petición del presidente de Afganistán, Hamid Karzai, después de que dos pueblos fueran bombardeados, causando la muerte de más de un centenar de civiles.33 34 2 4 5 35
En septiembre de 2009, una operación aérea dirigida por el ejercito alemán causó la muerte de unos 90 civiles en la provincia deKunduz.36 Este incidente provocó la dimisión del Jefe de Estado Mayor alemán por ocultar información relativa al suceso.37
Especialmente sangriento fue octubre de 2009 en el que se contabilizaron el mayor número de ataques insurgentes durante toda la invasión. El día 4, murieron ocho soldados estadounidenses en un ataque talibán al este del país.38 El día 17 un suicida se inmoló frente la embajada india en Kabul matando a 17 personas.39 El 28 un comando talibán asaltó la casa de huéspedes de laONU en Kabul matando a 13 personas entre ellas seis funcionarios del organismo internacional.40
A principios de noviembre de 2009 el líder opositor Abdulá Abdulá anunció su renuncia a presentarse a la segunda vuelta de las elecciones que debían celebrarse el día 8, lo cual supuso al reelección automática del actual presidente Hamid Karzai.41
El 1 de diciembre de 2009 el gobierno de EEUU solicitó a la OTAN el envío de 10.000 soldados más sumados a los 30.000 más que dicho país se comprometerá a desplegar durante 2010. El Reino Unido se ha comprometido ha enviar 500 militares más, mientras que otros países de la coalición están estudiando la propuesta.42 España tambíen se ha comprometido a desplegar 500 soldados más durante 2010.43
El 30 de diciembre de 2009 ocho agentes de la CIA resultaron muertos en un atentado suicida en la base estadounidense deKhost, cerca de la frontera con Pakistán.44
